De conclusie van Godzilla Minus Zero levert intense kaijugevechten op en laat verschillende verhaallijnen open. Kijkers kunnen fijnere details over het hoofd zien te midden van het spektakel, dus hier is een duidelijke doorloop van de laatste gebeurtenissen.
Autoriteiten bedenken een plan om Godzilla en Ghidorah naar het Ginza-district in Tokio te dwingen voor een confrontatie. Generatoren trekken Ghidorah aan omdat het wezen zich aangetrokken voelt tot elektrische bronnen. Ondertussen bouwt bioloog Kanji Murakami een resonantiegolfmachine om Godzilla te lokken. Het apparaat werkt door Noriko Shikishima ermee te verbinden en gebruikt het Godzilla-DNA dat zij bij zich draagt na een eerdere aanval.
Hoewel veel burgers omkomen, sterft slechts één centraal figuur. Kenji Noda, gespeeld door Hidetaka Yoshioka, komt om wanneer de energiestraal van Ghidorah zijn auto raakt en hem vastpint. Koichi vuurt vanuit zijn vliegtuig een raket af die een explosie veroorzaakt waarbij Noda om het leven komt. Meteoroloog Makoto Aoyama vertelt Koichi later dat Ghidorah de dood veroorzaakte om zijn schuldgevoel te verlichten.
New York City wordt niet echt aangevallen. De sequentie verschijnt in een droom van Kanji Murakami, die de bomaanslag op Hiroshima overleefde en zijn familie verloor. Hij wil in het geheim wraak nemen en stelt zich voor dat Godzilla New York verwoest, maar Noda overtuigt hem om dat idee te laten varen.
Ghidorah lijdt tijdens het gevecht zware schade, maar Godzilla geeft de genadeslag. Nadat Ghidorah hem ernstig verwondt, regenereert Godzilla na een wekoproep van Noriko en het vliegtuigteam met de resonantiemachine. Hij blaast vervolgens een opgeladen atoomadem uit die Ghidorah beëindigt.
Als overwinnaar trekt Godzilla zich terug in de oceaan. Het Amerikaanse leger had de resonantiegolfmachine willen gebruiken om zijn bewegingen te sturen, maar het team aan boord van het vliegtuig vernietigt het apparaat samen met al het gerelateerde onderzoek om toekomstige pogingen tot controle te voorkomen en de cyclus van conflicten te doorbreken.
Koichi en Noriko laten de jonge Akiko niet in de steek. Het stel overweegt haar aanvankelijk bij haar ouders achter te laten omdat ze verwachten voortvluchtigen te blijven, maar Akiko's sterke reactie overtuigt hen om haar bij zich te houden. De drie rijden samen weg op een motor.
Het verhaal eindigt met verschillende verhaallijnen die vervolgd kunnen worden. Koichi, Noriko en Akiko blijven op de vlucht, Godzilla zwemt vrij rond en Murakami wordt vastgehouden door Amerikaanse troepen. Er is geen vervolg bevestigd, maar deze elementen laten ruimte voor verdere afleveringen. De film draait momenteel in de bioscopen.