Spelers die hun shell verliezen tijdens de Mortal Shell 2-proloog krijgen permanent slecht nieuws. Het verlies is opzettelijk en kan niet worden teruggedraaid. De startshell dient alleen als tijdelijke tutorial-begeleider voordat het spel meer betekenisvolle keuzes biedt.
Een cutscene aan het einde van de Tar Golem-bossfight vernietigt de Harros-shell voorgoed. Deze sequentie activeert ongeacht de uitkomst van de strijd. De vernietiging is gescript en definitief.
Als de speler er niet in slaagt de Tar Golem te verslaan, grijpt Harros in om de Harbinger te beschermen en verslaat de vijand. Terwijl hij zich omdraait, geeft de Golem een dodelijke slag van achteren. Overwinning spaart de shell ook niet. Zelfs na een succesvolle nederlaag voert de Tar Golem een laatste aanval uit die Harros uitschakelt.
Na het proloogsegment zonder shell bereiken spelers Marrow Keep en ontmoeten ze Zhirelle. Op dat moment worden acht shells beschikbaar voor permanent gebruik. Deze shells behoren voortaan aan de speler toe.
Elke shell die na de proloog wordt verkregen, kan nog steeds verloren gaan tijdens gevechten. Voldoende schade werpt de Harbinger eruit, en dood treedt alleen op als de eigen gezondheid van de Harbinger nul bereikt. De shell fungeert daarom als een extra beschermingslaag.
Verloren shells kunnen worden hersteld bij elke Beacon op de kaart. Deze methode geeft de shell terug met volledige gezondheid en vult vaardigheden en Mether's Pulse-ladingen aan. Spelers kunnen de meter rechtsonder op het scherm ook opbouwen door melee-aanvallen uit te voeren als de Harbinger. Bij 100 procent is een summon met gedeeltelijke gezondheid mogelijk, waarna Mether's Pulse extra gezondheid kan herstellen als er nog ladingen beschikbaar zijn.
Het levelen van de Harbinger met Gloom verhoogt de basisgezondheidswaarde van elke shell die via de meter-methode respawnt. Deze systemen zorgen ervoor dat shell-management ook na de proloog centraal blijft in de gameplay.