Na de nederlaag van de Tar Golem in de proloog presenteert Mortal Shell 2 tien grote bazen, samen met talrijke mini-bazen, kerkers en arena-uitdagingen. Het ingewikkelde kaartontwerp van het spel laat spelers vaak onzeker over de optimale weg vooruit.
De eerste zes bazen bevinden zich in Corrupted Gates. Deze gebieden worden progressief ontgrendeld naarmate spelers Ovum verzamelen door Beacons in de wereld te zuiveren. Hoewel de poorten in elke volgorde kunnen worden voltooid, raden stijgende moeilijkheidsgraden en de verschillende omgevingen een doordachte progressie aan.
De overige vier bazen verschijnen in de laatspelregio Unfound Path. Toegang wordt pas beschikbaar na het terugbrengen van 168 Ova naar The Marrow Keep. Vanaf dat moment krijgen spelers directe toegang tot de Unfound Path vanuit The Marrow Keep.
Bepaalde bazen zijn extra veeleisend zonder goede voorbereiding. Spelers hebben baat bij het vinden van een favoriete Mortal Shell 2 Shell, waarna zowel de gekozen Shell als de Harbinger worden versterkt via Glimpses en Gloom.