In veel opzichten valt Star Trek: Voyager op als het meest geïsoleerde deel van de franchise. De serie volgt de bemanning van de geavanceerde USS Voyager nadat een ongeluk hen aan de andere kant van de melkweg achterlaat, ongeveer zeventig jaar van huis. Zonder contact met Starfleet of de Federatie opereert het schip zonder steun, waardoor de kapitein en officieren gedwongen zijn allianties te improviseren en bedreigingen op eigen voorwaarden aan te gaan.
Deze isolatie verhoogt de inzet bij elke ontmoeting. Kapitein Janeway buigt of breekt vaak Starfleet-protocollen wanneer overleving dat vereist. Het schip ziet meer directe gevechten dan zijn voorgangers omdat reparaties en bevoorrading onmogelijk zijn. Hier zijn vijf van de meest memorabele gevechten uit de serie, gerangschikt op dramatische impact.
In de aflevering Message in a Bottle lokaliseert Seven of Nine een buitenaards relaisnetwerk dat de aarde kan bereiken. De holografische Doctor van het schip wordt door de melkweg gestuurd en materialiseert aan boord van de experimentele USS Prometheus. Romulanen hebben het schip al geënterd en de bemanning uitgeschakeld, waardoor alleen het eigen noodhologram van het schip overblijft om te helpen.
De twee hologrammen overwinnen hun programmeerlimieten om terug te vechten. Ze overstromen secties met gas en activeren uiteindelijk de multi-vector-scheidingsmodus van de Prometheus, waardoor het schip in drie aanvalseenheden splitst. Federatietroepen arriveren op tijd om het schip te beveiligen en de Doctor brengt het nieuws over dat de bemanning van Voyager nog in leven is.
Basics dient als de seizoensfinale van seizoen twee en de seizoensopener van seizoen drie. Het markeert het hoogtepunt van het lange conflict van Voyager met de Kazon, een soort die veel kijkers ondermaats vonden. De Cardassiaanse operatieve Seska lokt het schip in een val, waardoor de Kazon de controle overnemen en de bemanning op een vijandige planeet achterlaten.
Alleen de Doctor en de onstabiele Ensign Suder blijven aan boord. Luitenant Paris voert een schijnaanval uit vanuit een shuttle, waardoor de Kazon met gesaboteerde phasers terugschieten. De resulterende chaos stelt de bemanning in staat het schip terug te nemen in een bevredigende afsluiting van de Kazon-verhaallijn.
Year of Hell ontvouwt zich als een tweedelige verhaallijn in seizoen vier. De Krenim-wetenschapper Annorax commandeert een schip dat hele soorten uit de geschiedenis wist met één energiestraal. Voyager lijdt herhaalde aanvallen die het zwaar beschadigen en verschillende bemanningsleden verwonden.
De bemanning vormt een tijdelijke alliantie met andere slachtoffers van Annorax. Omdat tijdreizen in het spel is, maakt de laatste confrontatie extreme maatregelen mogelijk, waaronder een zelfmoordactie op het vijandelijke schip. De aflevering herstelt de originele tijdlijn nadat het gevecht is afgelopen.
Unimatrix Zero overbrugt seizoen zes en zeven met een langdurige confrontatie tegen de Borg. Voyager betreedt Borg-ruimte en ontdekt een verborgen droomrijk waar drones toegang hebben tot herinneringen van voor de assimilatie. Janeway, Tuvok en Torres laten zich bewust assimileren om het verzet van binnenuit te steunen.
De resulterende gevechten vinden vooral plaats tussen Borg-facties. De aflevering eindigt met de dreiging van een burgeroorlog onder de Borg en laat de hoofdpersonages in direct gevaar achter, wat klassieke cliffhangers uit eerdere series weerspiegelt.
De serieafsluiting Endgame springt vooruit naar een alternatieve toekomst voordat het terugkeert naar het heden. Een oudere admiraal Janeway reist terug in de tijd en rust Voyager uit met geavanceerde wapens en schilden die zijn ontworpen om de Borg rechtstreeks aan te vallen. Na aanvankelijke aarzeling over tijdlijninterferentie gaat de bemanning met het plan verder.
Het resulterende gevecht toont hoe Voyager systematisch Borg-schepen vernietigt in een cathartische vuurkrachtdemonstratie. De sequentie dient als een passend sluitstuk en geeft de bemanning de beslissende overwinning waar fans al lang op hadden gewacht tegen hun meest hardnekkige vijand.