Tegen het begin van 1969 had The Beatles al zware opnamesessies achter de rug die later zouden uitmonden in het album Let It Be. De aanwezigheid van camera’s tijdens die opnames in januari maakte de spanningen binnen de groep alleen maar groter en veranderde wat begon als een experiment om hun werkproces vast te leggen in een pijnlijk document van hun uiteenvallende samenwerking.
Nadat die sessies achter de rug waren, trouwden John Lennon en Yoko Ono in Gibraltar nadat een ceremonie in Parijs was afgeblazen vanwege verblijfsregels. Ze vierden hun huwelijksreis in Parijs en hielden daarna hun beroemde bed-in-protest in het Amsterdam Hilton. Lennon keerde terug naar Engeland met de gebeurtenissen nog vers in zijn geheugen en verwerkte ze snel tot een nummer dat hij 'The Ballad of John and Yoko' noemde. Hij omschreef het nummer als 'een stukje journalistiek' en 'een folk song'.
Omdat Ringo Starr aan het filmen was en George Harrison afwezig, bracht Lennon het nieuwe materiaal rechtstreeks naar zijn vervreemde songwritingpartner Paul McCartney. Hun persoonlijke relatie was verslechterd, maar het duo had nooit zijn muzikale samenwerkingsvermogen verloren.
De regel in het refrein 'The way things are going, they're gonna crucify me' deed McCartney aarzelen. Slechts drie jaar eerder had Lennons opmerking dat de band populairder was dan Jezus tot veel ophef geleid, en McCartney vreesde nieuwe controverse. Uiteindelijk zette hij die zorgen opzij. Yoko Ono merkte later op dat McCartney 'wist dat mensen naar John uit waren en dat hij het gewoon goed voor hem wilde maken' en benadrukte zijn 'zeer broederlijke kant'.
Lennon voorzag mogelijke problemen en instrueerde hun platenmaatschappij Apple Corps. om geen voorpubliciteit te geven rond de verwijzing naar 'Christus'. Het nummer bereikte toch de eerste plaats in het Verenigd Koninkrijk zonder grote ophef.
De opnamesessie in april 1969 voor het nummer vond plaats met alleen Lennon en McCartney. McCartney speelde drums terwijl Lennon gitaar speelde. In de eerste takes maakten ze grapjes zoals vroeger, waarbij Lennon riep 'Go a bit faster, Ringo!' en McCartney antwoordde 'OK, George!'. Dat moment benadrukte hoe hun creatieve chemie standhield ondanks de persoonlijke spanningen.
De goede wil hield niet lang stand. Enkele maanden later kondigde Lennon zijn vertrek uit de band aan en koos hij de kant van de nieuwe manager Allen Klein, wat jarenlange juridische geschillen veroorzaakte. Lennon en McCartney stopten al snel met samen schrijven en begonnen elkaar in hun solowerk te bekritiseren. Toch toonde Lennon blijvende dankbaarheid door het soloprotestnummer 'Give Peace a Chance' toe te schrijven aan de Lennon-McCartney-partnerschap.
De twee verzoenden zich uiteindelijk voor Lennons dood. Hun werk aan 'The Ballad of John and Yoko' blijft een blijvend bewijs dat muziek hen altijd weer bij elkaar kon brengen.