Toen Agents of S.H.I.E.L.D. in september 2013 in première ging, betekende dat de eerste live-action televisie-uitbreiding van het Marvel Cinematic Universe. De serie, geproduceerd door Marvel Television, plaatste Clark Gregg opnieuw in de rol van agent Phil Coulson, die na de gebeurtenissen in The Avengers uit de dood was teruggekeerd. De eerste afleveringen volgden Coulson en zijn kleine team terwijl ze ongebruikelijke zaken afhandelden onder leiding van Nick Fury.
De release van Captain America: The Winter Soldier in april 2014 leverde een grote schok op. De film onthulde dat de terroristische groep Hydra in het geheim een groot deel van S.H.I.E.L.D. van binnenuit had overgenomen. Steve Rogers legde het complot bloot, waardoor de organisatie instortte en haar agenten verspreid raakten. Die plotpunten werden rechtstreeks overgenomen in de televisieserie.
De tweedelige verhaallijn die begon met de aflevering "End of the Beginning" en werd vervolgd in "Turn, Turn, Turn" toonde de directe nasleep. Coulson en zijn team ontdekten dat een van hen, John Garrett, een Hydra-agent was en dat Grant Ward als dubbelagent werkte. De vertrouwde structuur van de serie stortte van de ene op de andere dag in.
Nu S.H.I.E.L.D. was ontmanteld, werden Coulson en zijn loyale agenten voortvluchtigen. Ze verloren officiële steun, middelen en de mogelijkheid om buiten hun eigen kring iemand te vertrouwen. Het wekelijkse monster-van-de-week-formaat maakte plaats voor een aanhoudend conflict met Hydra. De verandering gaf de serie de spanning en morele ambiguïteit die het eerder miste.
De Hydra-verhaallijn bereikte zijn hoogtepunt in de finale van seizoen één, waarin Coulson nieuwe orders van Nick Fury kreeg om de organisatie vanaf nul opnieuw op te bouwen. In de daaropvolgende seizoenen volgde het team terwijl het in het verborgene opereerde en probeerde legitimiteit te herwinnen. Dezelfde gebeurtenissen startten ook langlopende verhaallijnen over Skye's Inhuman-erfgoed en maakten van Ward een terugkerende antagonist.
Door de grotere MCU-ontwikkelingen te omarmen in plaats van ze te negeren, maakte Agents of S.H.I.E.L.D. van een potentiële verstoring de basis voor zijn sterkste verhalen. De serie liep uiteindelijk zeven seizoenen en droeg de gevolgen van dat ene filmgebeuren door de hele reeks heen.