X-Men '97 blijft klassieke stripinvloeden vermengen met zijn eigen verhaal in seizoen 2. Aflevering 6, getiteld Danger.exe, put zwaar uit Joss Whedon en John Cassadays Astonishing X-Men-run terwijl het elementen uit eerdere verhaallijnen verwerkt.
De aflevering draait om de Danger Room die tot leven komt en zich tegen het team keert. In het originele verhaal wil het bewuste programma de X-Men uitschakelen om zijn kernprogrammering te vervullen. De animatieserie houdt het centrale conflict aan, maar introduceert grote veranderingen die passen bij de lopende verhaallijnen.
Professor Xavier heeft het team omgevormd tot de non-profitorganisatie X-Corp en voorziet hen van nieuwe zwart-gele uniformen, verwijzingen naar het werk van Grant Morrison en Frank Quitely. De aflevering koppelt de opstand van de Danger Room ook direct aan Xaviers verdriet om recente verliezen.
Een belangrijke afwijking plaatst Polaris in de schijnwerpers. Zij neemt een rol over die in de strips oorspronkelijk voor Kitty Pryde was weggelegd. Als biologische dochter van Magneto worstelt Polaris met haar afkomst terwijl ze nieuwe studenten traint op de school.
Danger plaagt haar met visioenen waarin ze in haar vaders voetsporen treedt. Polaris put uiteindelijk uit haar band met zowel Magneto als Xavier om de dreiging te verslaan, wat een krachtige synthese van de erfenissen van beide leiders oplevert.
De aflevering laat zien hoe Magneto's dood door toedoen van Apocalypse Xavier heeft geraakt. Hij herbeleeft de tragedie in de Danger Room en twijfelt aan zijn eigen vastberadenheid. Deze persoonlijke crisis voedt de evolutie van het bewuste programma tot een echte dreiging.
Danger.exe valt op door de manier waarop het deze emotionele lijnen integreert met de actie en toekomstige ontwikkelingen voor het team op Disney+ in gang zet.