Control Resonant kent meerdere clearance-niveaus die toegang tot verschillende gebieden beperken. Spelers ontvangen keycards via de verhaalprogressie en optionele side content, waardoor ze eerder afgesloten deuren kunnen bezoeken.
De Level 1 Keycard wordt uitgereikt in het Central Field Office tijdens de hoofdquest The West Incursion Zone Resonant. Deze quest start automatisch na het eerste gesprek met Zoe bij de Watchtower.
Spelers krijgen de Level 2 Keycard van Arish in het Evacuation Zone Evac Building. Het item valt als onderdeel van de hoofdquest Evacuation Procedures.
Na het afronden van de hoofdverhaallijn spreek je met Zoe bij de Watchtower om de side quest New Growth te starten. Ga door tot het doel je vraagt om Underhill's Last Known Location in het Park research station te onderzoeken, waar de Level 6 Keycard ligt.
Het vinden van een lichaam in een garage ten westen van het Central Field Office activeert de quest Crossing the Threshold. De questlijn leidt naar de Central Dig Site Threshold. Onderzoek het lichaam gemarkeerd met een gele vierkant om de Mobile Research Station Keycard te verzamelen.
De Oldest House Storage Room Keycard, gelabeld SR, wordt verdiend tijdens de side quest The Complete Set. Start de missie bij het Museum of Curiosities in de West Incursion Zone. Ga door tot Langston de SR Keycard overhandigt bij de Panopticon.
Verschillende deuren in Control Resonant vereisen Level 18 clearance. Het personage Dylan ontvangt nooit een bijpassende keycard. Geopende Level 18 deuren worden afgehandeld door non-player characters met eigen toegang, terwijl sommige permanent verzegeld blijven.