Vier facties staan klaar voor spelers bij de lancering in Total War: Warhammer 40K: de Space Marines, Orcs, Aeldari en Imperial Guard.
Naast deze kernkeuzes zal een andere macht het slagveld vormgeven als tegenstander. De Traitor Guard vertegenwoordigen voormalige keizerlijke eenheden die met het Imperium hebben gebroken door invloed van Chaos of openlijke opstand.
Creative Assembly's Petry ging in op de rol van deze overlopende troepen tijdens recente opmerkingen. Hij merkte op dat verraderlijke elementen zullen verschijnen als tegenstanders die spelers direct kunnen bestrijden.
There will be some presence of traitorous things occurring. They'll be around [as] things that you can fight, and will be causing trouble and uprisings throughout your campaign. And that's probably all that I ought to be talking about for now...
Het is nog niet bekend of de Traitor Guard aparte eenheden en mechanieken krijgen die verschillen van de loyale Imperial Guard.
De serie heeft eerder niet-speelbare groepen op de campagnekaart geïntroduceerd. Bretonnia verscheen in de eerste Total War: Warhammer bij lancering, maar werd pas het jaar daarna een speelbare factie nadat de roster verder was ontwikkeld.