De X-Men staan voor hun zwaarste gevechten tot nu toe in de X-Men '97 seizoen 2-finale. Na het eerdere verlies van Magneto en het gevecht met een herrezen Gambit onder controle van Apocalypse, confronteert het team kosmische krachten en interne conflicten die hun toekomst veranderen.
Valerie Cooper's X-Factor-team neemt het over van de Brotherhood in de aftiteling. Cable's X-Force sluit zich bij hen aan om de dreiging definitief uit te schakelen. Rogue weigert te accepteren dat Gambit moet sterven en reist met Beast en Nightcrawler naar Apocalypse's schip op zoek naar een andere oplossing.
Binnen het schip ontmoet Rogue een Celestial die verbonden is met de oorsprong van Apocalypse. Ze pleit voor Gambits leven en stemt uiteindelijk in met het offer van haar eigen leven in ruil voor de macht om de schurk te stoppen. De transformatie geeft haar tijdelijk goddelijke krachten voor een laatste confrontatie.
Terug op het hoofdkwartier botsen X-Force en X-Factor met de X-Men. Cyclops, Jean Grey en anderen vechten om Gambit te beschermen, terwijl Cable prioriteit geeft aan het stoppen van Apocalypse. Het conflict bereikt een hoogtepunt wanneer Cable Gambit neerschiet, maar de schurk herwint de controle en overweldigt het team tot Rogue arriveert.
Met haar nieuwe krachten absorbeert Rogue Apocalypse en sluit zijn essentie op in een edelsteen die Cable moet bewaken. Gambit wordt bevrijd en keert terug naar normaal. Rogue denkt dat haar eigen leven het vereiste offer is, maar Nightcrawler treedt in haar plaats om de deal te voltooien.
I know they will grieve, but I also believe, in time, my memory will be a seed from which new ones will grow. Each day is a new blessing to share with one another.
Nightcrawler offert zichzelf op aan de Celestial zodat Rogue kan leven. Het team rouwt om het verlies terwijl het Gambits overleving viert. De balans tussen leven en dood laat de X-Men emotioneel uitgeput achter op weg naar het volgende hoofdstuk.
Een scène na de aftiteling toont Graydon Creed als president. Documenten in Valerie Cooper's kantoor onthullen dat Mystique haar heeft geïmiteerd, wat bevestigd wordt wanneer de shapeshifter de echte Valerie neerschiet en commentaar geeft op haar plannen tegen de Verenigde Staten.
Geheime documenten verwijzen naar voormalige Brotherhood-leden waaronder Quicksilver en Scarlet Witch. De weg lijkt vrij voor een meer traditionele X-Men versus Brotherhood-verhaallijn in seizoen 3, waarbij Mystique waarschijnlijk een centrale rol speelt.