De identiteit van de centrale antagonist in Spider-Man: Brand New Day bleef verborgen tot de release van de film. Kijkers leren nu precies wie de gebeurtenissen in de Marvel Phase 6-film heeft georkestreerd.
Gedurende het grootste deel van het verhaal drijft de naamloze figuur van Sadie Sink het conflict door gewone mensen onder controle te krijgen. Ze neemt zelfs MJ over om Peter Parker te overtuigen dat zijn partner haar herinneringen heeft teruggekregen, wat een harde emotionele klap oplevert.
De figuur blijkt Jean Grey te zijn, een ontwikkeling die veel fans hadden verwacht. Al snel komen details naar buiten over haar familie, waaronder een oudere zus genaamd Sara die over psychische krachten beschikte en het slachtoffer werd van experimenten door Damage Control.
Nadat Peter Parker Damage Control helpt bij het oppakken van Jean Grey, ontdekt hij dat de leider van de organisatie Bill Metzger hem heeft misleid. Metzger beweerde dat Jean de naam "Sara" had uitgesproken voordat ze het bewustzijn verloor, maar bewijs toont aan dat deze informatie niet uit haar mind control-sessie kon komen.
Het wordt duidelijk dat experimenten van Damage Control Sara hebben gedood. De groep was van plan vergelijkbaar werk aan Jean voort te zetten. Gedurende de film zoekt Jean naar iets dat V-max heet, nadat haar zus de term psychisch had doorgegeven. Terwijl ze gevangen zit, ziet Jean een loslatende "Ventmax"-sticker op een luchtrooster en beseft ze dat haar zus in diezelfde kamer is omgekomen, wat een enorme psychische uitbarsting veroorzaakt.
Spider-Man vecht zich een weg naar Jean en ontdekt dat Damage Control wapens had voorbereid die specifiek zijn ontworpen om zijn webben te neutraliseren. Leden van The Hand fungeren ook als ingehuurde beveiliging. Peter wint uiteindelijk het vertrouwen van Jean, maar Punisher schiet de held per ongeluk neer terwijl hij op haar mikt.
Punisher brengt Spider-Man naar een ziekenhuis. Jean gebruikt haar krachten om hem tijdens het herstel te stabiliseren. In de chaos vlucht Bill Metzger terwijl Yelena Belova werkt aan het ontsleutelen van geredigeerde bestanden van de organisatie.
Hoewel Jean zich het grootste deel van de film tegen Spider-Man keerde, blijkt de ware kracht achter de gebeurtenissen Bill Metzger en Damage Control te zijn.