In februari 1994 leverde Star Trek: Deep Space Nine een van zijn meest memorabele standalone verhalen met de aflevering 'Whispers' uit het tweede seizoen. De aflevering plaatst Chief Miles O'Brien in het middelpunt van een door paranoia gedreven mysterie dat kijkers tot de laatste akte in spanning houdt.
Het verhaal opent met O'Brien die gebeurtenissen van een paar dagen eerder navertelt. Hij had net een away-missie naar het Parada-systeem afgerond, waar de aliens Starfleet om hulp vroegen bij de beveiliging van een belangrijke vredestop. Bij zijn terugkeer naar het station voelt echter alles anders. Zijn vrouw Keiko en dochter Molly gedragen zich afstandelijk en koel. Collega's werken aan beveiligingsprotocollen zonder hem te raadplegen, op directe orders van Commander Sisko.
O'Brien merkt al snel geheime gesprekken en zijdelingse blikken van de bemanning op. Dr. Bashir onderwerpt hem aan een ongewoon grondige medische scan. Zelfs de altijd waakzame Odo lijkt ongebruikelijk wantrouwig. De chief begint zich af te vragen waarom zijn naaste collega's hem als een bedreiging behandelen.
Halverwege seizoen twee kenden de kijkers de vaste personages al goed genoeg om te merken dat er iets fundamenteels was veranderd. Speculaties over parallelle universums, onbekende ziekten of verborgen agenda's nemen toe. De aflevering gebruikt deze bekendheid slim om spanning op te bouwen zonder te vroeg haar kaarten te laten zien.
De waarheid komt met een bekend sciencefictionmiddel. De echte O'Brien werd aan het begin van de missie vervangen door een kloon. De dubbelganger, onwetend van zijn oorsprong, was geprogrammeerd om sleutelfiguren op de Parada-vredestop te vermoorden. Wanneer de bemanning hem probeert te arresteren, ontsnapt de kloon met een runabout en racet terug naar Parada.
Een achtervolging leidt tot een confrontatie op de alienplaneet. Daar ontmoet de kloon de echte O'Brien en begrijpt eindelijk zijn ware aard. Ook terwijl hij wordt vernietigd, blijven de laatste gedachten van de kloon die van de originele man: liefde voor Keiko en Molly.
Hoewel 'Whispers' geen grote canonveranderingen of karakterontwikkeling voor O'Brien introduceert, legt het een terugkerend patroon vast. Schrijvers en producers omarmden al snel het idee om de herkenbare ingenieur aan buitengewone beproevingen te onderwerpen, een trend die fans later 'O'Brien Must Suffer' noemden.
Latere afleveringen zoals 'Tribunal', waarin O'Brien een Cardassiaanse showproces ondergaat, en 'Hard Time', waarin valse herinneringen aan een twintigjarige gevangenisstraf in zijn geest worden geïmplanteerd, bouwden voort op dezelfde basis. Ook zijn familie krijgt het zwaar te verduren, zoals te zien is wanneer dochter Molly verdwaalt en verwildert in 'Time's Orphan'.
Ondanks het lijden blijft O'Briens reputatie in het Star Trek-universum sterk. Hij wordt herinnerd als een van de belangrijkste figuren in de melkweg. Acteur Colm Meaney heeft aangegeven dat hij de rol waarschijnlijk niet zal hernemen in toekomstige producties.