Substructure neemt de kernuitdaging van de Ultracube-mod van Factorio over en breidt die uit tot een complete standalone titel. De mod beperkt alle productie tot gebieden nabij een speciale kubus, waardoor spelers strakke knelpunten moeten beheren. Substructure past deze beperking toe op gelaagde kaarten die meerdere dieptes beslaan, wat vanaf het begin complexe routeringsbeslissingen creëert.
Ontwikkelaars toonden hoe het spel het kubusconcept omwerkt tot verticale lagen. Productie blijft gekoppeld aan specifieke zones, maar spelers moeten de beweging tussen oppervlakte en diepere gebieden coördineren. Vroege demonstraties lieten waarnemers mentaal worstelen met grondstoffenstromen over deze gestapelde omgevingen.
Een opvallende steensoort verschijnt alleen na zonsondergang en begint af te breken als hij niet wordt verwerkt. Dit element voegt urgentie toe aan mijnbouw- en transportschema's. Het wijst ook op verborgen planetaire kenmerken voorbij de zichtbare oppervlakteplanten en mineralen.
Als spelers een boor ontgrendelen, kunnen ze de korst doorboren en toegang krijgen tot uitgestrekte ondergrondse grotten. Deze nieuwe laag vergroot de beschikbare ruimte en introduceert verse omgevingsvariabelen die de opbrengst beïnvloeden.
Naarmate systemen ingewikkelder worden, veranderen de liften zelf in productiecentra. Ze reizen tussen niveaus om verschillende omstandigheden te benutten, zoals zonlicht dat plantengroei versnelt of duisternis die bepaalde processen vertraagt. Nauwkeurige timing van liftstops en outputverdeling wordt essentieel voor de algehele efficiëntie.