De eerste uren van Marvel's Wolverine laten spelers wennen met eenvoudige gevechten tegen Trask-soldaten en Reavers. Dat verandert dramatisch wanneer Arkady Rossovich, beter bekend als Omega Red, de arena betreedt als de eerste belangrijke baas van het spel.
Anders dan eerdere vijanden bestraft Omega Red roekeloze agressie. Succes hangt af van precieze parries en tijdige dodges die openingen creëren om de mutant te staggeren en zware schade toe te brengen. Spelers die zich niet snel aanpassen, zullen het gevecht bestraffend vinden.
De ontmoeting dient als de eerste echte test van de kerngevechtssystemen van het spel. Focus op het lezen van aanvalspatronen en het benutten van stagger-mogelijkheden in plaats van te proberen de baas te overweldigen met constante aanvallen.
Het verslaan van deze in ongenade gevallen voormalige Team X-agent sluit het inleidende gedeelte effectief af. Vanaf dit punt krijgen spelers toegang tot nieuwe activiteiten zoals het vinden van Wolverine-whiskeyflessen verspreid over missies en het craften van custom Wolverine-pakken voor Logan.
Volgende levels introduceren extra uitdagingen naast gevechten, waaronder omgevingsraadsels zoals de Shiro-sleutelcode. Verkenning beloont spelers ook met verschillende easter eggs en verwijzingen naar het bredere Marvel-universum.