Star Trek viert al lang zijn visie van een harmonieuze toekomst zonder oorlog en schaarste op Aarde. Toch onthult het tweedelige Deep Space Nine-verhaal The Maquis een andere realiteit voor sommige Federatieburgers die gevangen zitten in politieke compromissen.
Schepper Gene Roddenberry verbeeldde zich een post-schaarstesamenleving waarin geavanceerde technologie honger en conflict uitbande. Tegen de tijd van The Next Generation leek de Federatie nog idealistischer, gericht op exploratie in plaats van militaire macht.
Dat optimisme wankelde bij omgang met agressieve buren. De voorkeur van de Federatie voor diplomatie maakte haar kwetsbaar bij onderhandelingen met de Cardassians, een militaristische soort die territorium wilde uitbreiden.
Om spanningen te verminderen, stemden Federatieleiders in met een hertekening van de gedemilitariseerde zone, waarbij verschillende koloniën aan Cardassiaans gezag werden overgedragen. Ambtenaren boden herhuisvesting aan getroffen bewoners, maar veel kolonisten weigerden de huizen te verlaten die ze jarenlang hadden opgebouwd.
Gefrustreerd door het besluit en onwillig om onder Cardassiaans gezag te leven, organiseerden de kolonisten zich tot de Maquis, een gewapende groep die vastbesloten was het nieuwe arrangement te weerstaan ondanks afkeuring van de Federatie.
De Maquis plaatste Starfleet in een moeilijke positie. Officieren mochten de rebellen niet legaal steunen, maar sommigen sympathiseerden met hun zaak en leverden zelfs heimelijk wapens. Deserties vonden plaats, met name in de Next Generation-aflevering Preemptive Strike met Ensign Ro Laren.
Op Deep Space Nine worstelde Benjamin Sisko met de morele complexiteit toen een oude vriend zich bij de Maquis aansloot. De commander moest zijn plicht om de vrede met de Federatie te bewaren afwegen tegen zijn persoonlijke banden met het verzet.
De groep speelde een nog grotere rol in Voyager. Nadat een gezamenlijke missie tegen de Maquis eindigde met beide schepen die door de Caretaker naar het Delta-kwadrant werden geslingerd, integreerde kapitein Kathryn Janeway de rebellen in haar bemanning. Chakotay werd eerste officier en B'Elanna Torres werd hoofdwerktuigkundige.
Schrijver Ron D. Moore merkte later op dat de Maquis-leden de regeling te snel accepteerden, waardoor potentieel conflict aan boord van het schip afnam.
Uiteindelijk mislukte de Maquis-campagne. Toen de Cardassians zich aansloten bij de Dominion, werden de verzetsstrijders grotendeels uitgeschakeld, wat een somber einde markeerde aan hun verhaal in beide series.