Het tijdreisverhaal in X-Men '97 bereikte zijn conclusie in seizoen 2 aflevering 4, getiteld "The Rise of Apocalypse - Part 2." De aflevering eindigde op een donkere en sombere toon toen een van de centrale figuren van de franchise een gruwelijk einde vond.
Na de gebeurtenissen van de seizoen 1-finale vonden Professor Charles Xavier, Magneto, Rogue, Beast en Nightcrawler zichzelf gevangen in het jaar 3000 v.Chr. Daar ontmoetten ze En Sabah Nur, de eerste mutant, die later Apocalypse zou worden. Magneto probeerde de jonge Nur maandenlang in het verleden te sturen naar de idealen van de X-Men.
Een aanval doodde Nurs adoptievader Baal en vernietigde zijn Sandstormers-leger. Nadat Xavier Nur had gekalmeerd, bereikte de groep een oude tempel die bleek Ship te zijn, het buitenaardse schip verbonden met de legende van Apocalypse. Binnenin zag Nur visioenen van zijn lotsbestemming en wees hij Xavier's pogingen af om zijn pad te veranderen. Hij betrad de transformatiekamer, ontving een boodschap van de Celestials en verscheen als de volledig versterkte Apocalypse.
Beast repareerde de tijdbanden, waardoor het grootste deel van het team terugkeerde naar de jaren negentig terwijl Xavier en Magneto achterbleven. Apocalypse viel de stad van Rama-Tut aan en opende een enorm zwart gat. Magneto en Xavier sloegen de schurk kortstondig terug, waardoor Magneto tijd kreeg om de dreiging in te dammen tegen een hoge persoonlijke prijs.
Terwijl Xavier naar zijn gevallen vriend kroop, bereikte Apocalypse Magneto als eerste. In een wrede daad activeerde de zelfverklaarde god zijn armkanon en dwong Xavier getuige te zijn van Magneto's desintegratie. Het moment geldt als een van de meest emotioneel geladen scènes uit de serie.