Zelfs in de optimistische toekomst van Star Trek leidt de menselijke natuur af en toe tot misdaad, met een netwerk van strafkolonies binnen de Federatie als gevolg. Deze faciliteiten onderscheiden zich door hun nadruk op genezing en re-integratie in plaats van strenge vergelding.
Vroege afleveringen maakten al duidelijk dat Federatiegevangenissen gedetineerden willen hervormen via psychiatrische zorg en gestructureerde activiteiten. In het klassieke verhaal "Dagger of the Mind" experimenteert een psychiater met geavanceerde hypnosemiddelen die patiënten moeten helpen, al blijken de methodes uiteindelijk gebrekkig en worden ze stopgezet.
Latere series tonen nog comfortabelere omgevingen. Tom Paris zit zijn straf uit in de Nieuw-Zeelandse strafkolonie na zijn betrokkenheid bij de Maquis-verzetsgroep. De locatie lijkt op een vredig park waar gedetineerden technische taken uitvoeren en genieten van de natuur. Op dezelfde plek verblijft later ook Dr. Bashirs vader na zijn veroordeling voor ongeautoriseerde genetische ingrepen.
Extreme gevallen krijgen gespecialiseerde ziekenhuiszorg met spellen, tuinieren en counseling. Deze aanpak weerspiegelt het geloof dat zinvol werk en mentale ondersteuning mensen kunnen terugleiden naar een productief leven.
Omdat de meeste verhalen zich afspelen aan boord van ruimteschepen, zien kijkers gevangenen vaak in compacte briggen met basisreplicators. Deze tijdelijke verblijven houden verdachten vast tot overplaatsing naar kolonies op planeetoppervlakken.
Buiten Federatie-ruimte hanteren rechtssystemen veel strengere vormen. Het Klingon-mijnkamp Rura Penthe in "Star Trek VI: The Undiscovered Country" dwingt gedetineerden tot gevaarlijk fysiek werk op een ijzige wereld, waar overleven afhangt van kracht en allianties onder gevangenen.
Andere beschavingen gebruiken afgelegen gevangenisschepen of neurale implantaten die decennia aan straf comprimeren tot uren. Akritiri-autoriteiten in een Star Trek-verhaal voorzien gedetineerden van apparaten die agressie verhogen, terwijl Argrathan-functionarissen in een ander verhaal lange straffen opleggen via directe hersenstimulatie.
Romulanse en Cardassiaanse faciliteiten omvatten vaak marteling of executie, wat de relatieve menselijkheid van Federatiemethodes benadrukt die de doodstraf vermijden en zich richten op herstel.