De producent van de Legend of Zelda-serie Eiji Aonuma nam ooit de verantwoordelijkheid op zich voor het feit dat The Wind Waker met een gevoel van onvolledigheid arriveerde. De bekentenis kwam in een 2005 Edge magazine-interview terwijl het team Twilight Princess voorbereidde.
Bij de lancering kreeg The Wind Waker scherpe kritiek vanwege zijn cartoonachtige visuals, die veel spelers niet overeenkwamen met de verwachtingen voor een echte next-generation Zelda-titel. Na verloop van tijd kreeg het spel sterke kritische lof en groeide het uit tot een favoriet onder fans, maar klachten bleven bestaan over ontbrekende dungeons en een uitgerekte Triforce-quest die de ervaring opvulde.
I think that that's my fault. To tell the truth, originally we were thinking about something bigger, and in order to make it on time we had to make it more compact-sized. Even though I say compact, we were trying our best so that we could entertain people enough. That was our intention and I thought that we could do that. But if people are feeling that way, that was my fault for lack of effort, and of course when it comes to the new Legend Of Zelda, I really don't want to have that kind of impression from the players.
De Wii U-heruitgave pakte verschillende kernklachten aan en introduceerde het spel bij nieuwe spelers, waardoor de reputatie verder werd versterkt. Critici hadden de titel eigenlijk vanaf het begin warm onthaald, en de publieke opinie verschoof naarmate de onderscheidende art style meer waardering kreeg.
Sommige fans hebben lang getheoretiseerd dat content die tijdens de originele productie werd geschrapt later de dungeon-ontwerpen in latere Zelda-spellen beïnvloedde.