De kernopzet van Star Trek: Voyager beloofde een geïsoleerd avontuur dat uniek was binnen de franchise. Een machtig buitenaards wezen slingert de USS Voyager in seconden door de melkweg, waardoor de bemanning strandt in het afgelegen Delta Kwadrant, ver van Federatie-ondersteuning of bekende ruimte.
Veel bemanningsleden komen om bij de plotselinge verplaatsing. De overlevenden moeten een groep Maquis-rebellen integreren die zich verzetten tegen de Federatie, wat meteen spanning veroorzaakt tussen kapitein Kathryn Janeway en de Maquis-leider Chakotay. De premisse suggereerde voortdurende tekorten aan middelen, wrijving binnen de bemanning en ontmoetingen met werkelijk buitenaardse fenomenen.
In de praktijk week de serie al snel af van die beperkingen. Voorraden raakten zelden op. De integratie van de Maquis werd snel opgelost doordat Chakotay de rol van eerste officier accepteerde. Veel afleveringen toonden bekende buitenaardse soorten in plaats van de bizarre onbekenden die het Delta Kwadrant had moeten bieden.
Showrunner Brannon Braga uitte zijn teleurstelling tijdens het tweede seizoen. Hij had gehoopt dat de serie meer onheilspellende en inventieve sciencefiction zou omarmen.
Ik vind dat 'Voyager' de 'X-Files' van 'Star Trek' moet zijn. Het Delta Kwadrant moet de vreemdste plek zijn die we ooit hebben gezien. [...] In plaats daarvan zien de aliens er iets te vertrouwd uit en leveren we niet genoeg high-concept sciencefiction. Begrijp me niet verkeerd; we hebben veel uitstekende afleveringen gemaakt, maar ik wil meer verhalen die je hersenen op hol doen slaan en uitdagen.
Het interview vond plaats ongeveer twee derde door het tweede seizoen. Braga merkte op dat de franchise al drie decennia en meer dan 300 afleveringen besloeg. Die geschiedenis vroeg om frissere, ambitieuzere verhalen in plaats van veilig terrein.
Critici uit die tijd stelden ook vragen bij de castingkeuzes van de serie. Een vrouwelijke kapitein, een Aziatisch-Amerikaanse operations officer en een zwarte Vulcan leidden bij sommige waarnemers tot beschuldigingen van tokenisme. Braga erkende de kritiek, maar verdedigde de aanpak als in lijn met de langdurige toewijding van de franchise aan representatie.
Ik heb gemengde gevoelens. Het hele idee van 'politieke correctheid' is tot hysterische extremen doorgevoerd; we zien daar nu een tegenreactie op. [...] Ik sta volledig achter onze multi-etnische aanpak.
Ondanks dat Braga's visie op onophoudelijke vreemdheid niet volledig werd gerealiseerd, leverde Voyager sterk karakterwerk en bleef de franchise de nadruk leggen op samenwerking over verschillen heen. De multiculturele bemanning was een van de meest blijvende sterke punten.