Lego Batman-spellen leunen op grappige avonturen die geen logica vereisen. Serieuze Batman-titels mikken vaak op emotionele diepgang in hun verhalen, maar belanden soms op conclusies die absurder aanvoelen dan welk baksteenavontuur ook.
Batman sterft vroeg in Gotham Knights. Het verhaal volgt de leden van de Bat-Family terwijl zij de misdaad blijven bestrijden en complotten ontrafelen na zijn dood. Spelers besturen Barbara Gordon, Dick Grayson, Tim Drake en Jason Todd door verschillende samenzweringen.
Een belangrijk verhaallijn betreft de Court of Owls die de Lazarus Pit gebruikt om versterkte soldaten te creëren. Batman zelf keert terug uit de dood via dezelfde put, in handen van de League of Shadows. Het spel laat spelers vervolgens vechten tegen de herrezen Batman om zijn hersenspoeling te doorbreken.
De echte problemen komen naar voren in de finale. Batman neemt de controle over zijn vliegtuig en laat het neerstorten in de put om die te vernietigen en de soldaten uit te schakelen. Deze daad botst met zijn aloude no-kill-regel die spelers het hele spel hebben nageleefd door niet-dodelijke methoden te gebruiken, zelfs tegen de versterkte vijanden.
De beslissing ondermijnt ook het verhaal van Jason Todd. Hij werd herrezen door de Lazarus Pit en bracht een groot deel van het spel door met het verwerken van zijn menselijkheid. Batmans laatste keuze labelt in feite iedereen die op dezelfde manier is herrezen als iemand die moet sterven. De slotscènes verzwakken het moment verder door te tonen dat de dreiging voortduurt en de vier helden gescheiden achterlaat ondanks de nadruk op teamwork.
Batman: Arkham Origins dient als prequel met een verhaal dat moet aansluiten bij latere gebeurtenissen. Laat in het spel ontdekt Bane Batmans geheime identiteit als Bruce Wayne en voert een aanval uit op de Batcave die Alfred bijna doodt.
Om dit op te lossen zonder de gevestigde canon tegen te spreken, geeft het spel Bane amnesie via een sci-fi chemische injectie. Hij ontwaakt met zijn kortetermijngeheugen gewist. Amnesie als permanente oplossing voor een zelf gecreëerd plotprobleem krijgt zware kritiek als een afgezaagde cliché.
De oplossing schiet ook tekort omdat Bane een team handlangers meenam naar de Batcave. Zij behouden hun herinneringen, ook als Bane dat niet doet. Het verhaal biedt geen duidelijke oplossing voor hoe het geheim voor hen verborgen blijft.
In Suicide Squad: Kill the Justice League hersenspoelt Brainiac de Justice League tot moordenaars. De squad verslaat een gehersenspoelde Batman en Harley Quinn executeert hem. Het moment kreeg extra gewicht als mogelijke laatste vertolking van Kevin Conroy.
Het hoofdverhaal eindigt zonder echte afsluiting. Het team ontdekt dat er meerdere Brainiacs bestaan in het multiversum en dat zij die moeten blijven opsporen. Spelers die wachtten op post-launch content kregen een nog vreemdere twist in de laatste DLC.
De Batman die tijdens het spel werd gedood, blijkt een kloon te zijn, net als de versies van Superman, Green Lantern en Flash. De echte helden arriveren ongedeerd. Wonder Woman blijft echter echt dood, samen met verschillende slachtoffers van de kloon-Batman, waaronder Robin en Batgirl. De onthulling komt via een simpele diavoorstelling met voice-over in plaats van de uitgebreide cutscenes die eerder in het spel werden gebruikt.
Het spel zelf presteerde commercieel slecht en kostte Warner Bros. honderden miljoenen. De uiteindelijke presentatie liet veel spelers het gevoel hebben dat het einde de emotionele inzet die eerder was opgebouwd ondermijnde.