X-Men '97 houdt de spotlight stevig op de mutantenhelden en strooit daarbij memorabele crossovers uit de bredere Marvel-wereld. Het laatste voorbeeld komt in seizoen 2 aflevering 4, getiteld "Rise of Apocalypse Part II", waar een post-creditscène Captain America en Black Widow weer in de buurt van Wolverine brengt.
De scène speelt zich af in het heden, nadat het grootste deel van de aflevering de oude oorsprong van Apocalypse heeft verkend. Captain America, opnieuw ingesproken door Josh Keaton, arriveert samen met Black Widow, gespeeld door Lake Bell die haar rol uit "What If...?" herneemt. Black Widow verschijnt in haar klassieke zwarte jumpsuit uit de jaren tachtig en negentig met korter haar, een directe verwijzing naar de iconische Jim Lee-cover van Uncanny X-Men #268 waarop zij samen met Wolverine en Captain America staat.
Het duo overhandigt Logan dossiers met de aanduiding "Weapon X". Beide Avengers raden hem aan niet alleen de organisatie te confronteren, maar hij verzekert hen dat hij hulp heeft ingeroepen. Het moment volgt direct op eerdere ontwikkelingen in seizoen 2 waarin Wolverine zijn adamantiumskelet verloor na een confrontatie met Magneto.
De volgende aflevering, aflevering 5 "Weapon X, Lies, and DVD", draagt de titel van een klassieke aflevering uit de originele jaren-negentigserie. Trailers bevestigen al dat Wolverine zijn adamantiumklauwen terugkrijgt, wat suggereert dat hij Weapon X opzoekt om zijn skelet te herstellen. Een gelekte trailer toonde ook Morph die Weapon X-gegevens bekijkt naast Lady Deathstrike en Sabretooth, wat Logans opmerking over "the band back together" verklaart.
De originele aflevering uit 1995 liet veel vragen over Wolverines verleden onbeantwoord. Het nieuwe verhaal lijkt te putten uit latere stripverhalen, waaronder Grant Morrisons Weapon Plus-openbaringen die Captain America als Weapon I positioneerden. De korte Avengers-cameo past goed bij die mogelijke richting.
De serie heeft Morphs shapeshifting gebruikt voor snelle verwijzingen naar onder meer de Hulk en Thor. Andere personages zoals Doctor Doom, Baron Zemo en Spider-Man zijn in eigen persoon verschenen zonder het hoofdverhaal over de mutanten te verstoren. De aanpak houdt crossovers als smaakvolle toevoegingen in plaats van franchise-opzet, waardoor het strakke tempo van de show behouden blijft en zowel trouwe fans als incidentele kijkers het verhaal kunnen volgen.
Door deze verschijningen kort te houden, laat X-Men '97 het publiek meer willen terwijl het trouw blijft aan het kernverhaal. De recente scène met Captain America en Black Widow zet dat effectieve patroon voort.