Twee jaar na de première heeft X-Men '97 zich bewezen als een hoogtepunt in geanimeerd verhalen vertellen. De revival sloot direct aan op de geliefde originele serie en nam gedurfde narratieve risico’s die zowel trouwe fans als nieuwe kijkers aanspraken.
Ongeveer een jaar nadat professor Charles Xavier zijn dood in scène zet en vertrekt naar het Shi’ar-imperium om te herstellen van zijn verwondingen, worstelen de overgebleven mutanten met hun taken in een wereld die steeds vijandiger tegenover hen staat. Scott Summers en Jean Grey overwegen hun toewijding aan Xavier’s droom tegenover de kans op een rustig gezinsleven met hun verwachte kind.
Wanneer een jonge mutant genaamd Roberto da Costa bescherming nodig heeft tegen moordenaars en Sentinels, komt het team weer bijeen. Magneto arriveert om het leiderschap op te eisen volgens Xavier’s testament, maar wordt meteen gearresteerd door de Verenigde Naties. Een aanval van de Friends of Humanity tijdens zijn proces leidt tot een dramatische redding, de geboorte van Nathan bij Jean en het verlies van Storms krachten nadat ze Magneto beschermt. De VN vrijspreken Magneto, die een pad naar verlossing inslaat en een oude band met Rogue hernieuwt.
Terwijl Scott en Jean aan het ouderschap wennen, verschijnt er een identieke vrouw aan hun deur. Tests bevestigen dat zij de echte Jean Grey is, die lang geleden door Mister Sinister werd ontvoerd en vervangen door een kloon. Sinister wil het Summers-Grey-DNA voor zijn experimenten en infecteert baby Nathan met een techno-organisch virus. De kloon, gedwongen in de rol van de Goblin Queen, weet uiteindelijk onder invloed van de originele Jean vrij te komen.
Omdat er in het heden geen geneesmiddel beschikbaar is, sturen de ouders Nathan met Bishop naar de toekomst. De kloon neemt de naam Madelyne Pryor aan en vertrekt om haar eigen weg te vinden. Emotionele naschokken volgen, waaronder een kort moment tussen Jean en Wolverine en aanhoudende spanning tussen Scott en Madelyne.
Storm vertrekt uit het landhuis nadat ze haar krachten verliest door een wapen dat mutanten neutraliseert. Ze bouwt een band op met Forge, maar ontdekt dat hij het apparaat heeft gemaakt. Na een confrontatie met een demonische entiteit genaamd de Adversary overwint ze haar angsten, herwint ze haar krachten, verzoent ze zich met Forge en keert ze terug naar het team.
Tijdens een diplomatieke missie naar Genosha stemt Magneto ermee in om het land samen met Rogue te leiden. Rogue biecht haar verleden met Magneto op aan Gambit en kiest uiteindelijk voor hem. De viering wordt verstoord wanneer Master Mold en een leger Sentinels het eiland vernietigen. Gambit sterft terwijl hij Rogue beschermt en Master Mold vernietigt, waardoor de aanval stopt.
Rogue zoekt wraak op de verantwoordelijken. Onderzoek onthult Bastions langetermijnplan met Operation Zero Tolerance en Prime Sentinels, gecreëerd met hetzelfde virus dat op Nathan is getest. Het X-Mansion valt ten prooi aan Bastions agenten en het team beleeft zijn donkerste uur.
Dr. Valerie Cooper bevrijdt Magneto uit Bastions gevangenschap nadat ze de diepte van de anti-mutantwreedheid heeft gezien. Magneto ontketent een wereldwijde elektromagnetische puls die de Prime Sentinels uitschakelt, maar ook wijdverbreide vernietiging veroorzaakt. Xavier keert terug van de Shi’ar om zijn oude vriend onder ogen te zien, die verzoening afwijst en de aarde kwetsbaar achterlaat.
Magneto had gelijk
Jean gebruikt latente Phoenix-krachten en een onderdrukkingsapparaat om Bastion te verslaan en de geïnfecteerden te genezen. Magneto voorkomt dat Asteroid M op aarde neerstort. De resulterende explosie lijkt het team te doden, maar de meeste leden worden door de tijd verspreid. Scott en Jean belanden in een dystopische toekomst, terwijl anderen in het oude Egypte terechtkomen tegenover een jongere Apocalypse. Een laatste scène suggereert een mogelijke terugkeer van Gambit.
X-Men '97 seizoen 2 gaat op 1 juli in première op Disney+.