De première van X-Men '97 seizoen 2 neemt direct de draad op van de finale van seizoen 1 door de onzekere lot van verschillende sleutelteamleden aan te pakken. Wolverine, Morph en Storm, die allemaal afwezig waren aan het einde van het vorige seizoen, verschijnen opnieuw samen met Cyclops en Jean Grey in een verre toekomstsetting.
In de aflevering getiteld "Days of Past Future" belanden de vijf X-Men in het jaar 3960. Daar sluiten ze zich aan bij een verzetsbeweging onder leiding van Mother Askani en vechten ze tegen de troepen van Apocalypse, die een desolate toekomstwereld beheerst. Het verhaal lost de cliffhanger uit de finale van seizoen 1 op, waarin Magneto het adamantium uit het skelet van Wolverine verwijderde nadat Logan hem had gestoken.
Wolverine vecht nu met zijn natuurlijke botklauwen, een verandering die hem in het nadeel brengt tegen de robotische handlangers van Apocalypse. Het bot is brozer dan metaal, waardoor de klauwen tijdens het gevecht breken en opnieuw moeten aangroeien. Een komisch moment toont Logan die op een robot springt, zijn klauwen breekt en verrast reageert voordat hij de machine met blote handen uit elkaar haalt.
De overstap naar botklauwen weerspiegelt het "Fatal Attractions"-verhaal uit 1993 in de comics, waarin Magneto Wolverine op vergelijkbare wijze van zijn adamantiumlaag beroofde. Eerdere afleveringen van de originele X-Men: The Animated Series behandelden de klauwen als kunstmatige implantaten die tijdens het Weapon X-programma waren aangebracht. In "Repo Man" toont Logan afschuw als hij ze voor het eerst ziet opkomen, terwijl "Old Soldiers" hem laat vertrouwen op geïmproviseerde metalen messen tijdens de Tweede Wereldoorlog omdat zijn natuurlijke klauwen toen nog niet waren verschenen.
Sommige kijkers vinden dat de retcon de body-horror-elementen uit Wolverines verleden afzwakt door de klauwen een natuurlijk mutantkenmerk te maken in plaats van een ontmenselijkende chirurgische ingreep. Anderen wijzen erop dat retcons al lang deel uitmaken van de X-Men-lore, waaronder Magneto's achtergrond als Holocaust-overlevende die decennia na zijn debuut werd geïntroduceerd.
Promotiemateriaal voor seizoen 2 toont Wolverine alweer met metalen klauwen, wat suggereert dat zijn adamantiumlaag op een bepaald moment zal terugkeren. Hoe dat herstel precies plaatsvindt, wordt in toekomstige afleveringen onthuld. X-Men '97 blijft streamen op Disney+.