In meer dan 15 seizoenen en 327 afleveringen leverde de hitserie Supernatural volop verrassingen op. De makers rekten het verhaal uit tot ver voorbij het oorspronkelijke plan van vijf seizoenen van Eric Kripke, waardoor latere schrijvers op onverwachte manieren verder moesten bouwen op de vroege fundamenten. Dat resulteerde in diverse momenten van onbedoelde vooruitwijzing, waarbij kleine verwijzingen of plotpunten jaren later een veel grotere betekenis kregen.
De aflevering uit seizoen 4 met Chuck droeg de titel "The Monster At the End of This Book". Destijds fungeerde het personage van Eric Kripke als een behulpzame schrijver die later verdween. De showrunners in de laatste seizoenen namen de titel letterlijk toen ze Chuck in seizoen 14 onthulden als de ultieme antagonist, een scherpe ommekeer ten opzichte van zijn eerdere welwillende portrettering.
De korte "Deanmon"-verhaallijn in seizoen 9 en 10 verraste veel kijkers. Toch dook het concept al op in seizoen 3 in "Dream a Little Dream of Me". Daar werd Dean Winchester geconfronteerd met een demonische versie van zichzelf in een droom, destijds neergezet als een angst voor wat de hel met hem zou doen in plaats van een letterlijke toekomstige gebeurtenis.
De aflevering "ScoobyNatural" uit seizoen 13 bracht Scooby-Doo, Where Are You! in het universum van Supernatural. De schrijvers hadden al vanaf seizoen 3 terloopse verwijzingen naar de mysteries oplossende bende laten vallen, met Dean Winchester die in seizoen 9 Scooby's catchphrase imiteerde. Die eerdere grapjes gaven de latere crossover een natuurlijke basis.
In de finale van seizoen 5, "Swan Song", noemde Chuck de 1967 Chevy Impala het belangrijkste object in het universum. Die zin kreeg nieuwe lading toen de spin-off The Winchesters liet zien hoe de auto hielp een multiversum-bedreiging te verslaan die door Chuck zelf was gecreëerd.
Vroege afleveringen bevatten luchtige opmerkingen over het onvermogen van de broers om Death te doden. Dean Winchester maakte de opmerking in seizoen 1 in "Faith" en herhaalde die in seizoen 2. De grap werd letterlijk in seizoen 10 toen Dean daadwerkelijk een einde maakte aan de entiteit die bekendstaat als Death.
Een arts vertelde een herstellende Dean Winchester in seizoen 2 dat hij wel een engel moest hebben die over hem waakte. De opmerking kwam voordat de echte engelen werden geïntroduceerd, waaronder Castiel, die na seizoen 4 in "Lazarus Rising" een centrale bondgenoot werd.
In seizoen 9 in "First Born" legde Cain uit hoe Abel de stem van de duivel voor die van God aanzag. Dezelfde verwarring trof later Sam Winchester in seizoen 11, toen visioenen die hij voor Gods werk hield, eigenlijk van Lucifer kwamen.
Tijdens seizoen 3 in "Red Sky at Morning" las Sam Winchester een spreuk die de naam Castiel bevatte. De engel was toen nog niet bedacht door de schrijvers. Castiel debuteerde het seizoen daarna en werd al snel een van de belangrijkste personages van de serie.
Gesprekken in seizoen 3 en 5 vingen de spanning tussen Dean Winchester's toewijding aan het jagen en Sam Winchester's verlangen naar een normaal leven. Die thema's speelden zich uit over de hele reeks en sloten aan bij hoe de serie uiteindelijk voor elke broer eindigde.
In seizoen 3 noemde Dean Winchester zichzelf gekscherend Batman. Jensen Ackles sprak het personage later in meerdere DC-animatieprojecten in. In seizoen 6 kreeg Sam Winchester de introductie "Walker, Texas Ranger", jaren voordat Jared Padalecki de hoofdrol speelde in de CW-reboot Walker.