Aan het einde van Star Trek Discovery seizoen 2 glipt de USS Discovery door een tijdportaal en arriveert in 3188. De bemanning treft een melkweg aan die onherkenbaar is veranderd. De Federatie is verdwenen. In haar plaats staat de Emerald Chain, een uitgestrekt crimineel netwerk gebouwd op handel en slavernij.
Een melkwegwijde gebeurtenis genaamd The Burn slaat zonder waarschuwing toe. Elke actieve dilithiumkristal explodeert, waarbij talloze sterrenschepen in één klap worden vernietigd. Overgebleven kristallen verliezen hun kracht. Doordat warp-reizen plotseling onmogelijk wordt, valt de interstellaire samenleving uiteen in isolatie. Niemand kent aanvankelijk de oorzaak.
Dilithium was al schaars vóór de ramp. The Burn maakt het karwei af. Hele soorten verliezen hun thuiswerelden. De Klingons worden nomaden. Uitgestrekte delen van de ruimte keren zich naar binnen en verbreken het contact met buren.
Discovery traceert de explosies uiteindelijk naar één bron. Het schip vindt een enorme holodeck die ronddrijft bij een dilithiumrijke planeet. Binnen leeft een volwassen Kelpien genaamd Su'Kal. Zijn ouders stortten daar neer terwijl hij nog in de baarmoeder zat. Blootstelling aan de kristallen veranderde zijn zich ontwikkelende geest en gaf hem een psychische band met dilithium overal.
Na de dood van zijn moeder blijft de jonge Su'Kal alleen achter in de holodeck. Het programma voedt hem op in een kunstmatige wereld die hij naar believen kan vormgeven. Wanneer verdriet de peuter overweldigt, reist zijn psychische schreeuw door de kristallen en ontsteekt The Burn door de hele melkweg.
Kapitein Saru, eveneens een Kelpien, bereikt de volwassen Su'Kal en legt uit hoe zijn soort ooit een verhoogde angstreactie ontwikkelde. Saru heeft die erfenis al overwonnen. Hij overtuigt Su'Kal de holodeck te verlaten en terug te keren naar de Kelpien-thuiswereld Kaminar. Su'Kal verklaart later dat hij zijn emoties nu beheerst en nooit meer een Burn zal veroorzaken.
Seizoen 4 introduceert een nieuwe crisis genaamd de Dark Matter Anomaly. Deze zwaartekrachtgolf ontstaat eveneens door een onbedoelde handeling van een verre soort. De reusachtige, octopusachtige Soort 10-C creëerde hem tijdens het delven van boroniet om hun planeet te beschermen. Opnieuw brengen isolatie en misverstand bijna alles ten val.
De laatste drie seizoenen van Discovery draaien om de wederopbouw van de Federatie. Starfleet opereert nog steeds in het geheim met beperkt bereik. De Discovery voegt zich bij de vloot en begint diplomatieke outreach om geïsoleerde werelden weer samen te brengen. De toon verschuift van gevechten naar onderhandeling en samenwerking.
Star Trek Starfleet Academy vervolgt het verhaal op de academie zelf. Studenten van vele werelden leren elkaar te vertrouwen na generaties van scheiding. De serie onderzoekt hoe een verdeelde melkweg kan genezen door gedeeld doel en begrip.