Seinfeld behandelde vaak gevoelige onderwerpen met slimme misleiding of overdrijving, maar één aflevering uit seizoen 9 ging te ver en leidde tot wijdverbreide protesten en een tijdelijk syndicationverbod. De aflevering getiteld The Puerto Rican Day werd de enige aflevering uit de serie die uit herhalingen werd verwijderd na een scène met de Puerto Ricaanse vlag.
De aflevering The Puerto Rican Day, uitgezonden vlak voor de serie finale, trok het op een na grootste publiek van de hele reeks. Het verhaal volgt Jerry Seinfeld, Elaine Benes, George Costanza en Cosmo Kramer die een Mets-wedstrijd verlaten en de jaarlijkse Puerto Rican Day Parade tegenkomen die Fifth Avenue blokkeert. Het verkeer komt vast te staan, de personages raken gescheiden en er ontstaat een reeks ongelukjes rond de afgesloten route.
Kramer doet zich voor als een rijke koper genaamd H.E. Pennypacker om een badkamer te gebruiken in een appartement dat te koop staat. Hij nodigt Jerry en George uit om de laatste inning van de wedstrijd te kijken. Een boze menigte beschadigt later Jerry's auto en de groep loopt uiteindelijk naar huis.
Het controversiële moment vindt plaats wanneer Kramer per ongeluk een Puerto Ricaanse vlag in brand steekt met een sterretje. Hij laat de vlag vallen en stampt erop om de vlammen te doven, waarna hij opmerkt dat de scène lijkt op het dagelijks leven in Puerto Rico. De sequentie leidde tot snelle veroordeling door Puerto Ricaanse organisaties en kijkers.
I was concerned that the Latinos depicted in the show were very stereotypical, like in West Side Story. Then Kramer started running around with the Puerto Rican flag... at the point at which the flag was burned, my blood started boiling.
Er vormden zich protesten voor het NBC-hoofdkantoor in New York. Brieven stroomden binnen bij de zender en Spaanstalige radiozenders kregen talrijke boze oproepen. Fernando Ferrer veroordeelde het verbranden van de vlag publiekelijk als een beledigende grap en bekritiseerde de bijbehorende opmerking over Puerto Rico. NBC bood excuses aan, stelde dat er geen intentie was om te beledigen en verwijderde de aflevering uit syndication.
Een reactie van het Seinfeld-productiebedrijf suggereerde dat het verhaal ook een andere parade had kunnen tonen, zoals St. Patrick's Day of Columbus Day. Critici vonden de opmerking ongevoelig, omdat die het specifieke verbranden van de vlag negeerde en impliceerde dat andere gemeenschappen mogelijk anders zouden reageren.
NBC nam The Puerto Rican Day enkele jaren later weer op in de syndicationpakketten. Daardoor konden kijkers de aflevering zelf beoordelen, hoewel de oorspronkelijke controverse een opmerkelijk hoofdstuk blijft in de geschiedenis van de serie rond culturele gevoeligheden.