Raúl Fernández tekende de pole position voor de Grand Prix van Indonesië van MotoGP op het circuit van Mandalika. De Spanjaard had al 1799 dagen, oftewel vier jaar, elf maanden en drie dagen, geen eerste startpositie meer behaald. In de beslissende sessie versloeg hij Marco Bezzecchi en liet hij Marc Márquez op de tweede rij achter, voor Jorge Martín.
De temperatuur was iets draaglijker dan de dag ervoor, met 29 graden in de lucht en 60 graden op het asfalt. Aleix Espargaró, testrijder van Honda, nam de plaats in van Joan Mir in de startopstelling.
Toprak Razgatlioglu nam deel aan de Q1, ondanks dat zijn rechter schouder uit de kom was geschoten tijdens de tweede vrije training. De coureur zette zijn schouder zelf terug, ging na ook een klap op zijn hoofd naar de kliniek en keerde terug op de baan.
De Q1 werd gekenmerkt door talrijke crashes. Johann Zarco verongelukte in bocht 10 tijdens zijn eerste snelle ronde, maar kon verder rijden. Later vielen Jack Miller en Zarco opnieuw in bochten 2 en 3, evenals Ai Ogura in bocht 10. Ook Enea Bastianini ging onderuit in de eerste bocht en verloor alle kans om door te gaan.
Ai Ogura en Fermín Aldeguer wisten zich als de twee snelsten van de sessie te kwalificeren. In de tweede helft van de startopstelling stonden coureurs als Álex Rins (13e), Enea Bastianini (14e), Luca Marini (15e), Brad Binder (16e), Jack Miller (17e), Maverick Viñales (18e), Toprak Razgatlioglu (19e), Johann Zarco (20e), Diogo Moreira (21e) en Aleix Espargaró (22e).
In de Q2 startte Álex Márquez voorlopig op de eerste positie, gevolgd door Franco Morbidelli, Marc Márquez en Fabio Di Giannantonio. Bezzecchi vloog een ronde en Fernández kwam op de tweede plaats. In de slotronde verbeterde Fernández de tijd van Bezzecchi, al ging hij wijd in de eerste bocht. Di Giannantonio verraste met een derde plaats.
Bezzecchi kreeg te maken met gele vlaggen door de val van Aldeguer in bocht 16 en kon niet verbeteren. Ook Marc Márquez profiteerde niet van zijn laatste poging. Zo ging de pole naar Raúl Fernández, die er sinds zijn Moto2-periode geen meer had behaald, met name in de Grand Prix van de Algarve van 2021.