Black Flag Resynced breidt het klassieke piratenavontuur uit met een flinke toename aan content. De vernieuwde titel bevat in totaal 51 hoofdmissies, acht meer dan het origineel dankzij acht gloednieuwe quests die speciaal voor deze versie zijn gemaakt.
De hoofdverhaallijn ontvouwt zich over 12 sequences. De nieuwe missies worden beschikbaar na het voltooien van Sequence 11 en vormen een geheel nieuwe Sequence 12. Spelers volgen Edward Kenway door het kernverhaal terwijl ze verse doelstellingen aanpakken die aansluiten bij het bestaande verhaal.
Vroege sequences behandelen vertrouwd terrein zoals Lively Havana, Mister Walpole I Presume en The Treasure Fleet. Latere sequences introduceren de nieuwe quests waaronder That Bastard Maynard, Not Even a Real Captain en de finale A World Without Gold.
Naast het hoofdverhaal biedt Black Flag Resynced ongeveer 61 side missies. Deze omvatten Assassin Contracts, Officer Quests, verzameljachten en andere op de kaart gebaseerde doelstellingen. Samen met de hoofdmissies komt het totaal uit op ongeveer 145 activiteiten wanneer kettingdoelstellingen zoals Damn Fine Gear worden meegeteld.
Aanvullende wereldactiviteiten omvatten 12 schatkaarten, 10 forten om te vernietigen en 26 zeemansliederen. Deze elementen dragen bij aan de totale speeltijd maar vallen buiten de kernmissietellers.
Vijf officieren kunnen worden ontgrendeld, waarvan drie eigen missieketens hebben. The Padre en Lucy Baldwin worden beschikbaar na This Old Cove, terwijl Tobias Deadman Smith het rekruteren van de eerste twee en het voltooien van I Just Want to Talk vereist. Hun quests voegen narratieve lagen toe rond loyaliteit, scheepsbouw en persoonlijke verhalen.
Damn Fine Gear leidt spelers door 16 Templar Hunts verdeeld over vier ketens van elk vier missies. Het voltooien ervan geeft toegang tot speciale outfits. Na Overrun and Outnumbered verschijnen 30 Assassin Contracts over nederzettingen, elk met gerichte eliminaties en optionele uitdagingen voor extra beloningen.
Vijftien Naval Contracts richten zich op scheepsgevechten en vrachtdoelstellingen, beginnend met A Spanish Plague in Great Inagua. Zestien Mayan Stelae bieden visuele puzzels die een uniek outfit met kogelwerende eigenschappen ontgrendelen wanneer ze allemaal zijn opgelost.
Zes algemene side quest lijnen breiden de wereld verder uit. Former Glories en Art Lover draaien om collectibles, terwijl Mayan Mysteries en Damn Fine Gear verkenning combineren met doelstellingen. Captain Stede Bonnet en Blackbeard's Treasure vormen nieuwe toevoegingen die ondersteunende personages uit het originele plot verder ontwikkelen.