Metro Exodus bood spelers een gevoel van optimisme toen personages ontsnapten uit de Moskouse metro op zoek naar iets beters. Het aankomende Metro 2039 keert dat uitgangspunt volledig om en stuurt het verhaal terug de ondergrondse wereld in, waar het steeds donkerder en gevaarlijker wordt.
Metro Exodus ging over hoop. Het ging over het verlaten van de Metro en het ontdekken van een betere toekomst. Metro 2039 is het tegenovergestelde daarvan. Het is een reis terug de diepten van de hel in. En hoe verder je gaat, hoe donkerder het wordt.
Artyom en de Spartan Rangers die hem volgden buiten de Moskouse rand, hebben geen terugweg meer. Hun pad leidt alleen maar dieper het post-nucleaire metronetwerk in, waar de omstandigheden sinds eerdere delen in de serie aanzienlijk zijn verslechterd.
De overblijfselen van de beschaving die in de tunnels schuilen, vallen nu onder één gezag: de Novoreich. Deze factie staat onder bevel van Hunter, een fanatieke Spartan wiens invloed het al zware bestaan van de overlevenden nog verder heeft verhard.
De gebeurtenissen na Metro 2033 en Metro Last Light hebben de ondergrondse wereld in een nog precairere staat achtergelaten, waarbij het nieuwe verhaal belooft dat de spanning verder oploopt naarmate de groep dieper doordringt.