Metro 2039 markeert het donkerste hoofdstuk tot nu toe in de langlopende serie van 4A Games. Het spel speelt zich vier jaar na de gebeurtenissen van Metro Exodus af en volgt de Stranger die terugkeert naar het metrosysteem van Moskou, dat nu onder controle staat van één autoritaire leider.
Creatief directeur Andriy Shevchenko legt uit dat de hele metro voor het eerst in het universum onder één regime opereert. Hunter, voorheen een Spartan Ranger, regeert als Führer van de Novoreich-factie via propaganda en angst. Dit zorgt voor een veel onderdrukkendere omgeving dan spelers in eerdere delen tegenkwamen.
Executive producer Jon Bloch merkt op dat eerdere games draaiden om het voorkomen van conflicten en de moraliteit van spelerskeuzes. Metro 2039 onderzoekt daarentegen de nasleep nadat de oorlog is uitgebroken, waardoor het verhaal intiemer wordt en zich richt op de geschiedenis van de protagonist in plaats van de bredere metrobevolking.
Metro Exodus was about hope. It was about leaving the Metro. It was about going out to discover brighter and bigger futures. Metro 2039 is the reverse of that. It's this journey back into hell.
Shevchenko beschrijft de kern van de thema's als de verschrikkingen van tirannie, de prijs van stilte en de kosten van vrijheid. Het verhaal toont een wereld waarin moraliteit niet langer grijs is. Er is geen hoop of toekomst buiten wat de Führer belooft.
Propaganda speelt een centrale rol. Spelers moeten goed luisteren naar gesprekken om te begrijpen waarom personages bepaalde dingen zeggen en waar hun overtuigingen vandaan komen. Dit element legt duidelijker parallellen met de echte wereld dan in eerdere games.
Het spel haalt elementen als de Dark Ones, anomale zones en geesten terug die het originele Metro 2033 kenmerkten. Shevchenko verwijst naar een uitspraak van het personage Khan: "It appears that the devastation we brought upon ourselves was complete; Heaven, Hell, and Purgatory were atomized. So when a soul leaves the body it has nowhere to go, and must remain here, in the Metro." Deze bovennatuurlijke kenmerken benadrukken het gebrek aan ontsnapping, zelfs na de dood.