Zowel Jean Grey als Mystique verschijnen in trailers voor Marvel's Wolverine, maar het aankomende spel zal geen volledige bezetting van studenten van Xavier's School of de X-Men als gevestigde groep bevatten.
Creatief directeur Marcus Smith benadrukte dat het project een verhaal rond Logan alleen opbouwt. Hij legde uit dat de X-Men in deze versie van het Marvel-universum simpelweg niet bestaan, waardoor het team een wereld kan creëren waarin mutanten relatief onbekend blijven voor het publiek.
Smith merkte op dat mutanten voldoende bekend zijn om actief te worden achtervolgd, maar ze dienen slechts als achtergrondelementen en niet als centrale focus. Het verhaal put daarentegen personages uit het bredere Marvel-catalogus.
Trailers hebben al Mystique, Sabretooth en Jean Grey geïntroduceerd. Smith gaf aan dat spelers extra bekende gezichten uit Marvel-strips mogen verwachten naarmate het plot zich ontvouwt.
Het spel bevindt zich in hetzelfde Marvel-universum 1048 dat wordt gebruikt in Insomniac's Spider-Man-titels. Smith bevestigde echter dat er geen crossover-evenementen zullen plaatsvinden en Spider-Man niet zal verschijnen.
Ontwikkelaars kozen voor scheiding om afzonderlijke verhaallijnen te behouden en complexe licentiegrenzen tussen Marvel-eigenschappen te respecteren.