Star Wars Zero Company biedt spelers vier wapenklassen om direct aan het begin van het spel te kiezen. De opties omvatten de Blaster Pistol, Blaster Rifle, Repeater en de Longarm Blaster, die fungeert als de sniper-achtige optie van de titel. Het kiezen van de juiste vroeg kan lastig aanvoelen omdat het spel vooraf beperkte details geeft.
Geen enkel wapen steekt er in Star Wars Zero Company universeel bovenuit. Elke klasse sluit juist aan bij verschillende personagebuilds. De beste keuze voor Hawks en andere personages hangt af van de gekozen specialisatie, de algehele klasse en de voorkeursaanpak in gevechten van de speler.
Spelers kunnen het uitgeruste wapen van een personage wijzigen door de Wapenopslag in de Den te bezoeken. Deze locatie ligt rechts van de centrale kaarttafel en wordt beheerd door het personage Neesh. Wissels zijn beschikbaar tussen missies voor in aanmerking komende personages.
Niet elk personage kan wapens wisselen. Astromech Droids en het enige Jedi-personage in Star Wars Zero Company blijven vastzitten aan hun standaarduitrusting.
Eenmaal toegewezen kan een wapen verder worden aangepast met mods die als beloning worden verdiend. Deze modificaties passen de prestaties aan, terwijl aparte opties het uiterlijk van het wapen veranderen.