Spelers die de pufferfish-encounter in How to Fish aangaan, staan voor een zware strijd die hen scheidt van het vierde eiland. De baas begint compact en snel, maar zwelt dramatisch op tot een massieve, giftige dreiging die runs in seconden kan beëindigen. Dit betekent een duidelijke stijging in moeilijkheidsgraad vergeleken met eerdere encounters zoals de piranha.
De meest betrouwbare manier om de vroege fase aan te pakken is door gestaag achteruit te cirkelen terwijl je met een volledig geüpgradede SMG vuurt. Accessoires zoals een extended magazine, compensator en alle beschikbare bullet improvements maken het wapen zeer effectief. De shotgun dient als solide backup, omdat de baas gedurende een groot deel van het gevecht dichtbij blijft.
Achteruit cirkelen houdt de speler net buiten bereik. De pufferfish beweegt snel in rechte lijnen, maar verliest snelheid als hij herhaaldelijk moet draaien. Voortdurend vuur zorgt ervoor dat de vijand groter wordt en iets minder mobiel naarmate het gevecht vordert.
Als de baas ongeveer de helft van zijn gezondheid heeft bereikt, gaat hij over naar een tweede fase en laat hij aanhoudende paarse gifwolken los. Op dat moment moet de speler constant in beweging blijven over het eilandterrein. Door bomen en obstakels te gebruiken om de grotere baas af te remmen, ontstaan er openingen voor aanhoudend vuur, vergelijkbaar met de tactieken tegen de shark-miniboss.
Als er in deze fase genoeg schade wordt uitgedeeld, wordt de pufferfish uiteindelijk verslagen. Het voeren van de resulterende pufferfish fin aan de toerist op het strand onthult de weg naar eiland 4.
De baas lokken naar dynamietstapels biedt een andere optie, hoewel de agressieve achtervolging dit vaak riskant maakt voor de speler. Als het encounter eindigt in een nederlaag, moet de wortel-aas opnieuw bij de toerist worden opgehaald. Dit vereist het vangen en aanbieden van een andere bedreigde soort met een standard lure, zoals een needlefish, bowlfish of seahorse.