Black Flag Resynced introduceert een optie om tijd over te slaan waarmee spelers de klok vooruit kunnen zetten van dag naar nacht of van nacht naar dag zonder te wachten. De functie werkt doordat protagonist Edward gaat zitten op een geschikte locatie, waarna het spel de tijd versnelt tot de volgende grote fase van de dag aanbreekt.
Om het systeem te activeren, moeten spelers een open, rustige plek op vaste grond vinden en kort de rechter richting op de D-Pad ingedrukt houden. Edward gaat dan zitten en de uren gaan snel voorbij. De sprong zet de klok altijd vooruit naar de volgende ochtend- of avondovergang, en spelers kunnen geen precies uur kiezen.
Verschillende voorwaarden voorkomen dat de functie activeert. Tijd overslaan is geblokkeerd tijdens gevechten, actieve quests of wanneer er een dreiging in de buurt is, inclusief wildleven. Het werkt ook niet als verkopers of niet-standaard NPC's dichtbij zijn. Spelers kunnen de mechaniek niet gebruiken aan boord van de Jackdaw of ergens in de buurt van water.
De veiligste aanpak is een geïsoleerde plek te vinden weg van vijanden, dieren en interactieve personages. Alleen dan zal Edward gaan zitten en de dag-nachtcyclus laten vooruitgaan.
De meeste verhaalmissies die een specifiek tijdstip van de dag vereisen, regelen de overgang automatisch. De handmatige sprong dient vooral spelers die helderdere omstandigheden prefereren voor verkenning of donkerdere uren voor stealth. 's Nachts is Edward iets moeilijker te detecteren, terwijl overdag de zichtbaarheid verbetert tijdens reizen en klimmen.
Buiten die twee scenario's heeft de functie beperkt nut in regulier spel. Het blijft een quality-of-life toevoeging in plaats van een kernmechaniek.