Eiji Aonuma heeft The Legend of Zelda al even lang begeleid als de bedenker Shigeru Miyamoto. Toch zocht Aonuma aan het begin van zijn leiderschap actief naar een manier om de serie helemaal te verlaten.
Na het regisseren van Majora's Mask en The Wind Waker, en na zijn eerdere werk aan Ocarina of Time, voelde Aonuma dat hij alle mogelijkheden binnen de franchise had uitgeput. In een interview uit 2005 met Edge Magazine vertelde hij hoe hij Miyamoto met een direct verzoek benaderde.
Hij zei tegen Miyamoto dat hij al meerdere projecten had gedaan en weinig nieuwe mogelijkheden meer zag. Aonuma vroeg of hij mocht afstuderen van Zelda en aan ander werk mocht beginnen. Miyamoto stemde daar in eerste instantie mee in.
De daaropvolgende opdracht verraste Aonuma. Miyamoto gaf hem de verantwoordelijkheid voor de volgende Zelda-titel, Twilight Princess. Deze keer was de rol die van producer in plaats van regisseur, bedoeld om Aonuma een breder overzicht te geven van het hele ontwikkelingsproces.
I had worked on three different Legends Of Zelda. I thought I had done almost everything I could. So I told Mr Miyamoto: 'Look, I have already done that and I have already done this, there seems to be few more things that I could do with Zelda. So can I graduate from it?' And Mr. Miyamoto said: 'OK!' So I took his word, but the next assignment he gave me was: 'You are going to take care of this new Zelda game.' I said: 'Wait a minute! I thought that you gave me permission to work on some other projects.'
Ondanks zijn aanvankelijke wens om afstand te nemen, gaf Aonuma later toe dat hij buiten Zelda nauwelijks ideeën kon genereren. Zelfs zijn eerste regiewerk, het in Japan uitgebrachte Super NES-spel Marvelous, droeg een vergelijkbare geest. Hij concludeerde dat de serie een onvermijdelijk onderdeel van zijn carrière vormde.
Aonuma is sindsdien nauw betrokken gebleven. Hij heeft elke grote Zelda-release geproduceerd vanaf Phantom Hourglass in 2007 en staat nu als het publieke gezicht van de langlopende franchise.