Directive 8020 levert twee verschillende einden op die de beslissingen van de speler door het verhaal weerspiegelen. Als een narratief-gedreven ervaring van Supermassive Games laat de titel keuzes de lotgevallen van personages en grotere belangen met betrekking tot de Aarde beïnvloeden, maar een centrale onthulling toont dat deze acties uiteindelijk convergeren naar een van twee licht variërende monologen.
De conclusie ontvouwt zich na de aftiteling, dus kijkers moeten die volledig bekijken om het laatste moment te bereiken. Er bestaan twee versies: Wetenschapper en Humanitair. Elke versie hangt af van hoe spelers de persoonlijkheidskenmerken van het hoofdpersonage tijdens sleutelmomenten hebben gevormd.
Gedurende het spel veranderen beslissingen Eisele's benadering. Spelers kunnen haar sturen naar meer empathie voor haar teamgenoten of haar gericht houden op strikte wetenschappelijke prioriteiten. Deze verschuivingen bepalen het einde dat volgt.
Een grote verrassing komt naar voren bij de conclusie: de hele bemanning bestaat uit klonen die op herhaalde missies zijn gestuurd. Williams wist vanaf het begin van de buitenaardse dreiging en heeft deze gekloonde teams opzettelijk uitgezonden om reacties en capaciteiten te testen. Elke cyclus komt een stukje verder dan de vorige.
Het verhaal draait om de vraag of het bestaan van klonen evenveel waarde heeft als dat van de originele mensen. De laatste keuze van de speler, gemaakt zonder volledige kennis, bepaalt of het programma doorgaat of wordt beëindigd.
Na de aftiteling verschijnt de echte Eisele weer op Aarde. Ze rapporteert hoeveel bemanningsleden de missie hebben overleefd. De echte Young krijgt een reprimande voor het ingrijpen in Cyclus 13. Eisele richt zich vervolgens tot het panel met een verklaring aan de speler die varieert op basis van het gekozen eindpad.
In de Wetenschapper-conclusie steunen haar woorden het voortzetten van de experimenten. In de Humanitaire versie pleit ze voor het volledig stopzetten van het programma. De uitkomst hangt af van eerdere aanpassingen van Eisele's eigenschappen.