Spelers die zich in Pokopia storten, lopen vaak vast bij het najagen van specifieke verfkleuren. Zwart en wit zijn extra lastig, omdat het spel daar geen directe aanwijzingen voor geeft. Andere tinten zoals groen, geel en roze hangen af van een willekeurige startboom, waardoor sommige avonturiers uren zoeken.
De kernmethode bestaat uit het voeren van bessen aan elke Pokémon met de Crush Specialty. Elke bes verandert na een korte verwerking in vijf kommen verf. Leppa-bessen geven rood, Chesto-bessen blauw, Rawst-bessen cyaan, Pecha-bessen roze, Aspear-bessen geel en Lum-bessen groen.
Trainers die niet weten welke wezens de Crush Specialty hebben, kunnen de Pokédex-filter in het spel raadplegen of gespecialiseerde hulpmiddelen bekijken voor een volledig overzicht.
Secundaire kleuren ontstaan door de basiskleuren te mengen. Limoengroen vereist bijvoorbeeld gelijke delen groen en geel. Smeargle kan het mengsel direct uitvoeren, of spelers kunnen Paint Balloons maken aan een werkbank voor hetzelfde effect. Het recept voor de ballon wordt vrijgespeeld na de eerste ontmoeting met Smeargle op Bleak Beach.
Veelvoorkomende bessen zoals Leppa en Chesto verschijnen regelmatig, maar de overige soorten groeien op zeldzamere bomen. Elk opslagbestand krijgt aan het begin één willekeurige boomsoort, en losse zaden voor de andere soorten liggen verspreid over de wereld. Om geluk volledig te omzeilen, reis je naar Dream Island, fotografeer je elke boom in Object Mode met de in-game camera en keer je terug naar een Pokémon Center om de gewenste exemplaren 3D te printen. Elke print verbruikt één Rare Pokemetal en levert een volgroeide, oogstklare boom op.
Zwarte en witte verf komen nooit uit speciale bessen. Ze verschijnen als willekeurige bonussen wanneer een Crush Specialty Pokémon een andere kleur verwerkt. De bonus komt overeen met de hoeveelheid van de primaire verf. Leppa- en Chesto-bessen geven vaker witte bonussen, terwijl Rawst-, Pecha- en Aspear-bessen vaker zwart opleveren. Lum-bessen neigen naar wit. Het maximum aantal bessen per keer inleveren vergroot de kans op extra kommen.
Er zijn twee praktische manieren om objecten te kleuren. Het maken en gooien van Paint Balloons werkt snel voor losse blokken en voorwerpen. Spelers kunnen ook Smeargle vragen om de taak uit te voeren. Smeargle blinkt uit in complexe patronen en dekt tien blokken voor de verfprijs van één ballon.
Gebouwen leveren extra uitdagingen op. Structuren zonder kleur in de naam, zoals de City Den, vereisen dat Smeargle de speler naar de locatie begeleidt. Gekleurde hutten vragen om ofwel nauwkeurig blok voor blok schilderen of volledige demontage zodat Smeargle de blokken in bulk kan behandelen voordat ze weer in elkaar worden gezet.