De regen was opnieuw de hoofdrolspeler in de 6 Uur van Fuji en dwong de annulering van de kwalificatiesessie van het Wereldkampioenschap Endurance. De officials besloten de sessie te annuleren nadat alleen de LMGT3 een paar minuten konden rijden en een ongeluk met een Ferrari duidelijk maakte dat het circuit onbegaanbaar was.
Zonder kwalificatie verplicht het reglement om de startgrid te vormen met de beste tijden uit de vrije trainingen. Het resultaat was een blauwe dubbel voor Alpine: de A424 met nummer 36 van Victor Martins en Joules Gounon start vanaf pole position, gevolgd door zijn tweelingbroer, de nummer 35 van Milesi en Habsburg.
Het Franse team behoudt zo zijn goede herinnering aan Fuji, waar het vorig jaar zijn eerste overwinning in het kampioenschap behaalde. Echter, de Aston Martin met nummer 007 van Harry Tincknell en Tom Gamble verloor twee posities door een straf voor contact in de derde training en werd teruggedrongen.
De straf voor de Aston Martin stelde de Genesis met nummer 19 van Dani Juncadella in staat om naar de derde plaats te stijgen, zijn beste klassering van het seizoen. De andere Koreaanse Genesis start vijfde, net voor de tweede Aston Martin, die van de Spanjaard Álex Riberas.
De Ferrari's bleven verder achter. De nummer 50 van Miguel Molina start als elfde en de nummer 51 van de kampioenen Giovinazzi, Pier Guidi en Calado start nog verder achteraan. Onder de titelpretendenten start de Toyota met nummer 7 van Kobayashi, Conway en De Vries als dertiende, voor de BMW met nummer 20.
De tweede Toyota, de nummer 8 van Buemi, Hartley en Nakajima, behaalde de achtste plaats en redde de dag voor het Japanse merk. De race van de 6 Uur van Fuji, de voorlaatste wedstrijd van het kampioenschap, wordt vanavond om 4:00 uur verreden met uitzending op Eurosport voor Spanje.