Bonsai-bomen zijn de eerste grote verzamelobjecten die spelers tegenkomen in Lego Batman Legacy of the Dark Knight. Vijf exemplaren zijn verborgen verspreid over de League of Shadows-missie en het bredere Nanda Parbat-gebied, samen met de eerste rode steen van het spel. De volgende gids somt ze allemaal op in de volgorde waarin ze verschijnen.
Deze Bonsai-boom staat recht in de weg van de voortgang. Nadat het badhuisgedeelte is ontruimd, blijft een ventilatierooster geblokkeerd door de boom zelf. Spelers moeten de volgende ruimte betreden en een shuriken werpen om een touw door te snijden, waardoor een kroonluchter naar beneden valt en de obstructie wordt verwijderd.
Eenmaal de geblokkeerde rooster geopend is, verschijnt een grote binnenplaats die door loopbruggen in vier secties is verdeeld. Versla eerst alle vijanden en daal dan af in het linkeronderkwadrant waar de Bonsai-boom tegen de rand van de loopbrug staat.
Later in het level moet een bed worden uitgevouwen om als trampoline te dienen voor het bereiken van een verhoogde loopbrug. Na het omhoog springen direct linksaf slaan en het pad rond het gebied volgen om de volgende Bonsai-boom te vinden.
Na het oversteken van een kloof met een kruisboogbout langs de muur richel klimmen maar de bewaakte hoofdingang overslaan. Ga in plaats daarvan rechtsaf en daal af om een ventilatiekanaal in te gaan. Binnen wachten vier drukplaten. Plaats Talia en het spelerpersonage op twee platen terwijl stapels boeken op de overige twee worden gelegd. Zodra alle platen tegelijk activeren, wordt de rode steen met de Ninja Modifier beschikbaar.
Binnen het hoofdtempelgebouw draai secties van het League-logo om een puzzel op te lossen. Klim daarna naar een klein ventilatiekanaal en kruip er in first-person view doorheen. Na het uitvallen aan de andere kant omdraaien om de Bonsai-boom direct achter het uitgangspunt te zien.
De baasgevecht met Ra's al Ghul eindigt met een brandend gebouw. Zodra de controle terugkeert tijdens de ontsnapping, ga naar het platform aan de linkerkant waar de laatste Bonsai-boom tussen kisten en dozen staat.