Álex Márquez zette de beste tijd neer in de training van de MotoGP voor de Grand Prix van Japan op het circuit van Motegi. De coureur van het Gresini-team verraste met een recordtijd waarmee hij Pedro Acosta, zijn broer Marc Márquez en Marco Bezzecchi achter zich liet. Kampioenschapsleider Jorge Martín reed een solide sessie zonder problemen.
De dag begon met complicaties. Takaaki Nakagami, die als gastrijder voor Honda reed, viel in zijn eerste ronde van de eerste vrije training en brak zijn linker sleutelbeen. Somkiat Chantra nam de plaats in van Joan Mir bij de Japanse structuur.
Bij goed weer en zonneschijn gingen de coureurs het nieuwe asfalt testen met mediumbanden. Álex Rins verongelukte in bocht 3 op lage snelheid en keerde snel terug naar de pit met zijn tweede Yamaha. Fermín Aldeguer had problemen met zijn Ducati GP25 van Gresini en keerde zonder tijd terug naar de garage terwijl het team de motor repareerde.
Meer incidenten volgden. Luca Marini bevestigde de aanvankelijke moeilijkheden van Honda door te vallen in de eerste bocht en zijn motor te beschadigen. De lokale held Ai Ogura kreeg een technisch probleem met zijn Aprilia dat een olielek veroorzaakte, waardoor de wedstrijdleiding de rode vlag moest hijsen en de sessie stopzette.
Na de herstart veranderden verschillende coureurs hun aanpak. Bezzecchi en Acosta kozen voor zachte achterbanden en namen voorlopig de leiding, terwijl de Márquez-broers en Martín met mediumbanden bleven rijden. Martín schakelde met meer dan een halfuur te gaan over op een zachte achterband en toonde een goed ritme, hoewel Marc Márquez opviel met gebruikte mediumbanden.
Acosta reageerde op de tijd van Marc Márquez en nam de leiding met een zachte achterband na enkele ronden. Aldeguer, die recent geopereerd was om een schroef uit zijn linker dijbeen te verwijderen, reed direct in zijn eerste snelle poging de beste tijd. Bezzecchi passeerde Aldeguer en Álex Márquez reageerde meteen, hoewel Bezzecchi in de volgende ronde terug sloeg. Acosta schoof ertussenin.
In de laatste poging pakte Álex Márquez het record af van Acosta en reed de beste tijd. Marc Márquez kon de kopmannen niet evenaren. Fabio Di Giannantonio redde op het einde nog de kwalificatie. Joan Zarco viel in bochten 13-14 terwijl hij Álex Márquez achtervolgde, maar kon opstaan. Diogo Moreira liet de motor in bocht 5 op lage snelheid vallen.
De uitgeschakelde coureurs waren onder meer Bagnaia, Aldeguer, Ogura en in sommige gevallen Di Giannantonio, terwijl de Honda’s van Zarco en Moreira, Bastianini en de Yamaha van Quartararo positief verrasten. De twee gevallen Honda’s wisten zich alsnog te kwalificeren.
In Moto3 was er een festival van valpartijen dat de top drie van het klassement trof. Morelli leidde de sessie. De coureurs die direct naar Q2 gingen waren Morelli, Yamanaka, Brian Uriarte, Carpe, Perrone, Quiles, David Muñoz, Pratama, Bertelle, Almansa, Adrián Fernández, Joel Esteban, Kelso en Cruces.
In Moto2 commandeerde David Alonso en brak opnieuw het record van de klasse. Naar Q2 gingen Alonso, Manu González, Izan Guevara, Arbolino, Holgado, Salac, Huertas, Alonso López, Sasaki, Agius, Ortolá, Öncü, Rueda en Dani Muñoz.